Juntament amb l’aportació d’aigua i nutrients, els agricultors o els encarregats de les explotacions agràries s’han de preocupar perquè els conreus i les collites no es vegin afectats per la presència de competidors i paràsits: males herbes, insectes, fongs, etc. Amb aquest objectiu al llarg dels anys s’han generat una sèrie de productes químics destinats a la protecció dels conreus i de les seves produccions: herbicides, insecticides, fungicides, etc. És a dir, substàncies creades pels humans per eliminar uns organismes vius que són considerats nocius per al bon funcionament de l’explotació agrícola. L’acció d’eliminar les espècies herbàcies que creixen de manera natural entre els conreus, ja sigui manualment o bé amb eines arrossegades per animals o tractors, en molts casos s’ha substituït per l’aplicació sobre el terreny d’herbicides. El problema és que no tinguin efecte sobre les males herbes, que afectin els conreus o que contaminin l’atmosfera, els sòls i les aigües subterrànies.

Una cosa similar succeeix amb els fitosanitaris. Com a resposta a l’aparició d’una plaga s’utilitza un producte químic que, ja sigui per contacte o per ingestió, l’elimina. Aquest ús evita que els conreus i la producció es vegin afectats, però la composició del producte fa que tinguin una degradació molt lenta en el medi natural, de manera que poden afectar els sòls, les aigües i l’atmosfera, a més d’altres vegetals i animals. L’insecticida pot eliminar un determinat organisme per al qual estava dissenyat, però també en pot afectar d’altres que d’una manera natural regulaven la presència d’un tercer. En desaparèixer el seu predador aquest tercer es pot convertir en una plaga, per la qual cosa s’haurà de desenvolupar un nou insecticida. Un altre problema pot ser que la plaga es faci resistent al producte, cosa que portarà a la necessitat d’augmentar-ne la dosi o la virulència.

L’exemple més conegut de pesticida molt efectiu és el DDT. El principal problema és que té un impacte molt important en els diferents elements del sistema natural i en especial en les aus. Rachel Carson, en el seu llibre Silent spring (1962), es va fer ressò dels “danys col·laterals” derivats de l’ús a gran escala del DDT. A partir dels anys setanta del segle xx aquest producte va començar a ser prohibit.

L’any 2010 a Espanya es van consumir 93.252 tones d’aquests productes, el 28,7% dels quals eren herbicides, un 23,1% fungicides i un 31,2% insecticides (Anuario Agrario, 2012). De mitjana es van aplicar 2,9 kg d’ingredient actiu per hectàrea de superfície (Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente, 2012).

També els humans es poden veure afectats per una utilització inadequada d’aquests productes, raó per la qual es fa necessari anar molt en compte mentre es manipulen i s’apliquen als camps, i també en el moment de consumir aquests productes agrícoles.